COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.968249 2.968249 2.932275
2020-09-29 17:00:00 3.073595 3.073595 2.920313
2020-09-28 17:00:00 4.618952 2.581158 2.881818
2020-09-27 17:00:00 3.286376 3.286376 2.869220
2020-09-26 17:00:00 3.013301 3.013301 2.847904
2020-09-25 17:00:00 2.987080 2.987080 2.846900
2020-09-24 17:00:00 2.751968 2.751968 2.823732

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.270484 2.270484 2.229523
2020-09-29 17:00:00 2.306425 2.306425 2.255111
2020-09-28 17:00:00 3.149606 1.976285 2.245092
2020-09-27 17:00:00 3.671875 1.406250 2.139437
2020-09-26 17:00:00 1.889020 1.889020 2.022727
2020-09-25 17:00:00 5.044510 5.044510 2.122637
2020-09-24 17:00:00 1.578459 1.578459 2.153141

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 3.624009 3.624009 2.020408
2020-09-29 17:00:00 0.637620 0.637620 2.032294
2020-09-28 17:00:00 3.763441 1.058201 1.960069
2020-09-27 17:00:00 9.055877 2.504817 1.942752
2020-09-26 17:00:00 3.012048 3.012048 1.866840
2020-09-25 17:00:00 1.529412 1.529412 1.783009
2020-09-24 17:00:00 1.206434 1.206434 1.700527

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 0.948867 0.948867 0.668861
2020-09-29 17:00:00 0.720981 0.542888 0.713928
2020-09-28 17:00:00 0.512821 0.277316 0.721557
2020-09-27 17:00:00 1.657754 0.802139 0.758894
2020-09-26 17:00:00 0.850340 0.850340 0.802410
2020-09-25 17:00:00 0.524109 0.524109 0.858776
2020-09-24 17:00:00 0.488599 0.488599 0.891687

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 5.783958 5.783958 5.292895
2020-09-29 17:00:00 6.058039 6.058039 5.113188
2020-09-28 17:00:00 11.451863 6.093153 5.016966
2020-09-27 17:00:00 5.633479 5.633479 4.824370
2020-09-26 17:00:00 5.226016 5.226016 4.649538
2020-09-25 17:00:00 3.628281 3.628281 4.460142
2020-09-24 17:00:00 3.890662 3.890662 4.257757

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.342301 2.342301 2.361753
2020-09-29 17:00:00 2.122074 2.122074 2.384743
2020-09-28 17:00:00 3.231939 2.347641 2.415808
2020-09-27 17:00:00 2.568906 2.568906 2.430140
2020-09-26 17:00:00 2.085088 2.085088 2.477589
2020-09-25 17:00:00 2.959728 2.959728 2.519428
2020-09-24 17:00:00 1.543499 2.347641 2.543117

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.295082 2.295082 2.086742
2020-09-29 17:00:00 2.836879 2.836879 2.078388
2020-09-28 17:00:00 0.583090 0.178015 2.098689
2020-09-27 17:00:00 2.554745 2.554745 2.159312
2020-09-26 17:00:00 3.778866 1.959412 2.216121
2020-09-25 17:00:00 2.936508 2.936508 2.312489
2020-09-24 17:00:00 2.432667 2.432667 2.367487

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.585252 2.585252 2.768906
2020-09-29 17:00:00 3.012380 3.012380 2.790137
2020-09-28 17:00:00 3.161996 3.161996 2.779879
2020-09-27 17:00:00 2.641950 2.641950 2.724769
2020-09-26 17:00:00 3.020690 3.020690 2.687890
2020-09-25 17:00:00 2.464374 2.464374 2.644137
2020-09-24 17:00:00 2.787203 2.787203 2.602348

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 3.105968 3.105968 5.973939
2020-09-29 17:00:00 6.742424 6.742424 6.066009
2020-09-28 17:00:00 10.834990 10.834990 6.181725
2020-09-27 17:00:00 5.044843 5.044843 6.287022
2020-09-26 17:00:00 6.198083 6.198083 6.294414
2020-09-25 17:00:00 5.340161 5.340161 6.211417
2020-09-24 17:00:00 6.398996 6.398996 6.118890

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 1.713555 1.713555 1.805526
2020-09-29 17:00:00 2.038562 2.038562 1.782347
2020-09-28 17:00:00 2.452597 1.715426 1.771019
2020-09-27 17:00:00 2.026837 2.026837 1.777233
2020-09-26 17:00:00 2.084860 2.084860 1.774763
2020-09-25 17:00:00 2.154468 1.641129 1.784975
2020-09-24 17:00:00 1.651164 1.651164 1.799580

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.918782 2.918782 2.909983
2020-09-29 17:00:00 3.026775 3.026775 2.901352
2020-09-28 17:00:00 2.304147 2.784360 2.860602
2020-09-27 17:00:00 2.605863 2.605863 2.880868
2020-09-26 17:00:00 2.786710 2.786710 2.900239
2020-09-25 17:00:00 3.720406 3.720406 2.923387
2020-09-24 17:00:00 1.910112 1.910112 2.972997

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 1.190476 1.190476 1.476599
2020-09-29 17:00:00 0.840336 3.361345 1.438533
2020-09-28 17:00:00 0.569801 1.166181 1.419160
2020-09-27 17:00:00 4.861111 4.861111 1.390908
2020-09-26 17:00:00 1.366120 1.366120 1.372137
2020-09-25 17:00:00 1.039501 1.039501 1.336943
2020-09-24 17:00:00 1.250000 1.250000 1.295092

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.432046 2.432046 3.068589
2020-09-29 17:00:00 1.646091 1.169591 3.082278
2020-09-28 17:00:00 6.188119 3.711952 3.151186
2020-09-27 17:00:00 3.216374 3.216374 3.186161
2020-09-26 17:00:00 4.166667 4.166667 3.250454
2020-09-25 17:00:00 4.805915 3.197674 3.213309
2020-09-24 17:00:00 2.717391 2.717391 3.133554

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 3.645320 3.645320 4.187360
2020-09-29 17:00:00 2.857143 5.054945 4.147620
2020-09-28 17:00:00 17.699115 17.699115 4.093808
2020-09-27 17:00:00 6.078148 6.078148 4.043109
2020-09-26 17:00:00 5.156724 2.325581 3.945303
2020-09-25 17:00:00 2.628571 2.628571 3.892954
2020-09-24 17:00:00 5.463183 5.463183 3.809023

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 4.693539 2.912755 3.506529
2020-09-29 17:00:00 3.706449 3.706449 3.616400
2020-09-28 17:00:00 5.216426 5.216426 3.562982
2020-09-27 17:00:00 4.336399 3.285151 3.485643
2020-09-26 17:00:00 3.160071 3.160071 3.482517
2020-09-25 17:00:00 4.127967 4.127967 3.554699
2020-09-24 17:00:00 2.931229 2.931229 3.538346

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 3.282493 3.282493 2.931445
2020-09-29 17:00:00 2.615279 2.615279 2.901446
2020-09-28 17:00:00 5.232558 3.402003 2.909213
2020-09-27 17:00:00 4.518430 2.911877 2.864261
2020-09-26 17:00:00 1.825994 1.825994 2.910965
2020-09-25 17:00:00 3.589948 3.589948 2.917585
2020-09-24 17:00:00 2.796935 2.796935 2.893566

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.330896 2.330896 3.185732
2020-09-29 17:00:00 5.473965 3.805073 3.179512
2020-09-28 17:00:00 3.151618 3.151618 3.304905
2020-09-27 17:00:00 6.888008 3.121903 3.440442
2020-09-26 17:00:00 4.020421 4.020421 3.479540
2020-09-25 17:00:00 3.481979 3.481979 3.566319
2020-09-24 17:00:00 3.391572 3.391572 3.605060

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 4.460771 2.847022 2.934610
2020-09-29 17:00:00 3.920154 2.597403 2.912979
2020-09-28 17:00:00 6.845638 2.880949 2.941597
2020-09-27 17:00:00 3.557181 3.557181 3.012623
2020-09-26 17:00:00 2.598016 2.598016 3.053489
2020-09-25 17:00:00 3.272171 3.272171 3.042270
2020-09-24 17:00:00 4.005127 4.005127 3.045807

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 2.445985 2.445985 2.182614
2020-09-29 17:00:00 1.861083 1.194539 2.201746
2020-09-28 17:00:00 2.972028 1.872453 2.240618
2020-09-27 17:00:00 1.972271 1.972271 2.292680
2020-09-26 17:00:00 2.505124 2.505124 2.326167
2020-09-25 17:00:00 2.965017 2.965017 2.325094
2020-09-24 17:00:00 3.143894 3.143894 2.339323

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 4.397706 2.198853 2.062447
2020-09-29 17:00:00 1.762452 2.157598 2.107272
2020-09-28 17:00:00 3.353659 1.040681 2.134190
2020-09-27 17:00:00 1.552106 1.552106 2.169431
2020-09-26 17:00:00 3.225806 3.225806 2.239278
2020-09-25 17:00:00 2.194656 2.194656 2.269197
2020-09-24 17:00:00 2.720450 2.720450 2.301022

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 4.109589 4.109589 4.157738
2020-09-29 17:00:00 8.791209 8.791209 3.892873
2020-09-28 17:00:00 1.612903 1.612903 3.759287
2020-09-27 17:00:00 0.000000 0.000000 3.620787
2020-09-26 17:00:00 10.000000 10.000000 3.369642
2020-09-25 17:00:00 1.612903 1.612903 3.515208
2020-09-24 17:00:00 2.083333 2.083333 3.384471

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-30 17:00:00 3.204466 3.204466 3.670175
2020-09-29 17:00:00 3.277154 3.277154 3.648286
2020-09-28 17:00:00 8.693587 4.105901 3.681110
2020-09-27 17:00:00 4.307776 4.307776 3.711447
2020-09-26 17:00:00 3.913043 3.913043 3.689088
2020-09-25 17:00:00 4.013104 4.013104 3.704432
2020-09-24 17:00:00 4.789494 3.205871 3.665205

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.270484 2.270484 2.229523
Basilicata 3.624009 3.624009 2.020408
Calabria 0.948867 0.948867 0.668861
Campania 5.783958 5.783958 5.292895
Emilia-Romagna 2.342301 2.342301 2.361753
Friuli Venezia Giulia 2.295082 2.295082 2.086742
Lazio 2.585252 2.585252 2.768906
Liguria 3.105968 3.105968 5.973939
Lombardia 1.713555 1.713555 1.805526
Marche 2.918782 2.918782 2.909983
Molise 1.190476 1.190476 1.476599
P.A. Bolzano 2.432046 2.432046 3.068589
P.A. Trento 3.645320 3.645320 4.187360
Piemonte 4.693539 2.912755 3.506529
Puglia 3.282493 3.282493 2.931445
Sardegna 2.330896 2.330896 3.185732
Sicilia 4.460771 2.847022 2.934610
Toscana 2.445985 2.445985 2.182614
Umbria 4.397706 2.198853 2.062447
Valle d'Aosta 4.109589 4.109589 4.157738
Veneto 3.204466 3.204466 3.670175
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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